臺南轉運站以淺基礎建築工法搭配貨櫃堆疊組合所建構而成，使用綠建材可回收貨櫃來保留空間運用彈性，有別於一般傳統鋼筋水泥建築物的刻板限制。主站體東西兩側共使用64個20呎貨櫃堆疊，創造出營運所需的候車、售票、商業及業者辦公等空間，此設計獲2019WAF世界建築獎入圍。

臺南轉運站提供客運、公車、計程車、汽機車接送、租賃服務等多元運具轉乘空間，站內設置專人服務台與多樣化附屬商業空間與活動，同時融合智慧科技與空間運用，塑造出使用者友善（親子、無障礙、穆斯林）的空間環境。