澎湖孔廟的前身即是文石書院，而文石書院就是澎湖最早的文化傳播地，位於馬公市東郊，是清乾隆三十一年，第十八任澎湖通判胡建偉所創建。由於澎湖盛產文石，喻意書院作育英才如石紋之五彩繽紛，故名「文石書院」。