南海遊客服務中心位於南海碼頭旁，所在位置就是澎湖第三漁港，有分新棟與舊棟兩棟建築，主要做為前往南海各島旅遊之遊客候船臨時休息之用，遊客中心內也提供旅遊資訊與前往南海之遊艇業者售票之用，是前往南海和南方各島（桶盤、虎井、望安、七美、東吉、西吉、東嶼坪、西嶼坪）之門戶。南海遊客服務中心館內設有旅遊諮詢解說、遊艇服務、候船室、販賣部、咖啡廣場、行李室、盥洗室等服務設施。館內有規劃行李寄放區，寄放時間是AM06：30-PM21：30。遊客中心內服務櫃臺設有駐點解說員，有關旅遊問題可與駐點人員詢問。遊客中心內有南海快艇業者售票處設置，一般遊艇業者不少也會直接在遊客中心外搭臨時攤位販售快艇船票。往返南海各小島的遊客和當地人，都必須藉由南海碼頭輸運，所以每天上午6點多到9點多以及下午3點多到5點，都是快艇出航返航的尖峰期。【建議停留時間】 0.5小時