南方四島國家公園主要是由東嶼坪嶼、西嶼坪嶼、東吉嶼、西吉嶼及周邊島礁所組成，是生態旅遊重鎮，海底藏著一整片薰衣草森林秘境，紫色珊瑚礁佈滿海底，只要站在岸上就能看見，景象相當夢幻。東嶼坪嶼是澎湖火山熔岩最後形成的島，其海域擁有覆蓋率極高的珊瑚、海地生態豐富，還有未經過度開發的陸上，得以保留以玄武岩、珊瑚礁岩所建造的澎湖厝、菜宅，繁盛時期的洋樓建築。島嶼聚落主要分佈在西方和西南方的凹地，房厝多為傳統閩式建築，由南到北沿著山丘避風處逆向而行，南北路塊邊坡都有佔地廣闊的菜宅、梯田，可以想像過去的農耕生活。除此之外，於東嶼坪嶼的後山可見到許多玄武岩節理景觀，包含海蝕溝、海蝕柱、海蝕洞，以及因岩漿噴發冷卻時間不同，而形成的柱狀與板狀兩種節理的地質景觀。西嶼坪嶼位於東嶼坪嶼的西北方，為四角型的方山地形，因地形關係村落無法聚集於港口，因此選擇坡頂平坦處定居，由於島上也無避風山坳，所以聚落多聚集於台地低窪處。從碼頭通往內陸聚落的道路，是一段約50公尺長的「好漢坡」，通過斜坡，可看到以硓石及玄武岩堆疊而成的澎湖傳統古厝。因村落多集中於南端，北端建置較少，因此地質景觀較南端豐富，可見到由大片礫石組成的海岸，並在礫石左側可見一「小鐵砧」嶼，遠眺還能見到頭巾嶼。現在當地居民多已外移，多數民宅因年久而毀損，目前以「華娘廟」為保存最完整的建築，從金爐及廟宇建築設計中，可回溯當年的輝煌。東吉嶼又名東吉島，為台澎航道上的重要據點，自古為台澎海運貿易的轉運站，有「小上海」的稱號。日治時代為確保台澎佔領權，分別在島上南北兩端興建軍營及燈塔，並派兵駐守，控制鄰近海域，成為台澎間第一道的海上屏障，而建在北方的東吉燈塔同時也是全島的制高點。當地居民於島上放牧羊群，爬上山坡可看見許多黑白相間的羊群低頭吃草休息，景色頗為愜意。西吉嶼又名西吉島，為台澎航道上的重要據點，因地處偏遠，交通不便，居民謀生困難，導致人口銳減，在1978年7月1日時政府輔導遷村，目前島上已廢村。著名景點有西吉藍洞，是澎湖獨有的透天海蝕洞，因無人為破壞，保留完整天然景觀。