臺東縣自然史教育館前身是民國74年成立於臺東縣成功鎮三仙國小的貝殼陳列館，民國83年省立博物館以此為基礎，設立臺東縣自然史教育館，將原本的貝殼標本做有系統的整理、展示與研究，現有館藏557種的貝殼標本，同時增設礦物展示室，蒐集世界各地的海洋珍寶及礦石，結合了自然資源和教學的功能，是了解東海岸蘊藏珍貴海洋及山脈資源最好的教室。臺東縣自然史教育館的設立，證明美麗的東海岸擁有的不只是海天山色，來自海洋深處的生物演化證物更是大自然所賜予最神奇的禮物。臺東縣自然史教育館的館藏貝殼標本，以都被視為活化石的阿當嵩翁戎螺和龍宮翁戎螺最受注目。阿當嵩翁戎螺是在距今5億7千萬年前即出現的翁戎螺科，在19世紀末又發現現生種，因此被視為活化石。阿當嵩翁戎螺喜歡吃海綿，不僅擁有大型而美麗的外殼，並具有極高的學術價值，是貝類研究者或集貝者不能錯過的珍貴標本。臺東縣自然史教育館的館藏阿當嵩翁戎螺，是民國86年購置，直徑10公分，產地在巴哈馬深海。龍宮翁戎螺也被視為活化石，民國58~59年在釣魚台列島海域發現大量龍宮翁戎螺，造成「龍宮貝震撼」，進而促使中華民國貝類學會的誕生。臺東縣自然史教育館的館藏龍宮翁戎螺，直徑8.5公分，屬小型龍宮翁戎螺，產地在臺灣東北海域深海。臺東縣自然史教育館三樓礦物展示室，陳列花蓮和臺東地區礦石岩石200多件，包括產自海岸山脈的軟玉、臺灣藍寶石和總總石等寶石，以原石和雕琢品對照方式，提供遊客認識和了解這些美石在工藝上的應用和價值。臺灣藍寶原石第一次出土是日本殖民統治臺灣時期，由原住民在都蘭山發現，為高70公分，寛30公分，長30公分的藍色半透明石頭，正式揭開東海岸山脈尋寶的熱潮。目前在東海岸山脈除偶爾可以撿到小原石外，原產礦脈已經停產。臺東縣自然史教育館的館藏臺灣藍寶原石高29.5公分，寛21公分，長21公分，是於民國87年購置。