新祖宮係由乾隆帝頒官帑敕建之廟宇，清乾隆五十二年(西元一七八七年)十月，大將軍嘉勇公福康安率勁旅十餘萬，齊登鹿港，平定林爽文之舉事，雖曰將士用命，亦賴神助，遂撥帑倡建，於是年十二月砌基豎樑，越年六月竣工，奉天上聖母神像入祀，俗稱「新宮」。