文昌祠是三開間、兩進兩廊，左右帶護龍的殿堂式四合院祠宇建築。前埕寬敞山門是擔廊形式，三段燕尾翹脊，筒瓦屋面是清代祠廟形式。祠內請來鹿港師彩繪，是一座結合書院與廟宇的建築，列入國家第三級古蹟保存。